Verschiedene Orgeln stehen in der HfMDK zur Verfügung: Neben den beiden großen Saal-Orgeln finden sich hier sechs Orgeln in Überäumen sowie eine italienische Barockorgel.

Zudem bestehen Kooperationen mit verschiedenen Frankfurter Kirchengemeinden, sodass für den Unterricht und Prüfungen unterschiedlichste Instrumente zur Verfügung stehen. Zu diesen zählen unter anderem die Schuke-Orgel in der Johanniskirche in Frankfurt-Bornheim und die Albiez-Orgel in der Kirche Mutter vom Guten Rat in Frankfurt-Niederrad.

Weiterhin führen regelmäßige Projekte die Studierende an die Walcker-Orgel in der Lutherkirche Wiesbaden und an die Klais-Orgel der Karlsruher Christuskirche.